中医学认为，东平甲鱼肉性味甘平，有滋阴补气、除热除疟、消肿去瘀之功。主治热气湿，能补中益气，补虚补阴。甲头干制后入药，称为“鳖首”，治脱肛、漏疮和小儿诸疾，效果均佳。甲鱼血可作补血剂。长期食用东平甲鱼可以延年益寿，并有防治癌症的功效。东平湖甲鱼的甲、骨、血、头、脂和卵均可入药，东平甲鱼富含动脉胶、角质蛋白、碘、维生素D等，能控制肿瘤细胞的生长，提高机体的免疫功能。该县民间有东平甲鱼“百病皆治”，“医百病，去百毒”的说法，春天吃烧熟的东平甲鱼，一年少生病，不生疮。麦子黄梢时吃甲鱼好，俗称“麦黄鳖”。